いろいろ理由を探していたのですが、どうも原因はsugarsyncだったようです。
■Windows 7 で右クリックの表示が遅い時の解決方法例
http://d.hatena.ne.jp/kbutti/20101203/p1
ここのコメントにある通り、
HKEY_CLASSES_ROOT\Folder\ShellEx\ContextMenuHandlers\SugarSync
HKEY_CLASSES_ROOT\*\shellex\ContextMenuHandlers\SugarSync
の2つのキーを削除したところ状況が改善されました。(常駐していたSugarsyncのツールを終了させてからレジストリを編集しました。念のため。)
ファイルを削除する際にも反応が遅く、困っていたので大変助かりました。
ようやく対処法を見つけることが出来ました。よかったよかった。