権限パスワードを付与して印刷、コピー、編集の制限をかける方法はこちら。
https://helpx.adobe.com/jp/acrobat/using/securing-pdfs-passwords.html
理由は分かりませんが、解決方法としては、
『dvipdfmxで作成したpdfファイルをAdobe Acrobat Pro DCで開き、その他の形式で保存→最適化されたPDFで別名保存してから、そのファイルを開き直して制限をかける』ということで落ち着きました。
dvipdfmxで作成したpdfファイルを直接Acrobat で操作しないほうがいい、ということなのでしょうか。不思議ですね。例によって細かい追究はしていません。
dvipdfmx の機能で直接制限つきのpdfを作ろうとしたのですが、
This is dvipdfmx Version 20160307 by the DVIPDFMx project team, modified for TeX Live, an extended version of dvipdfm-0.13.2c developed by Mark A. Wicks.このバージョン(w32tex)ではうまくいかなかった……残念。